FDA验厂采用“自上而下”的检查方法。首先了解各子系统，以评价企业是否制定适宜的程序并形成文件、是否包含该子系统的基本要求，随后分析企业是否已执行子系统要求。
FDA将体系分为7个子系统和相应的辅助程序，其中4个主要的子系统构成企业质量管理体系的基本，分别是：设计控制；管理控制；生产和过程控制P&PC（具有辅助的灭菌过程控制系统）；纠正及预防措施CAPA（具有辅助的医疗器械报告系统、纠正和移除系统、医疗器械记录系统）。
二、预防FDA验厂的重点检查环节展开剩余66%1.现场视察
内容涉及原材料、包装材料、标签和成品仓库、生产车间、基础设施(主要是纯化水制备车间、无菌区的空气过滤系统)、质控实验室(QC)、FDA检查员即兴提出需视察的任何地方（检查员通常不会要求视察与申请产品无关的地方）等。
2.文件检查
比对510(k)文件描述与现场实际，如果检查中发现不匹配、不一致的的情况过多，而且企业无法给出令人信服的解释，将会构成严重的问题。
对每个子系统，FDA首先通过观察企业的程序和方针，用于确定企业是否已规定要求并形成文件（如设计、纠正和预防措施CAPA等），其后查看原始资料并在适当的地方用抽样表格进行记录，确定企业是否符合其自身的程序和方针、其执行要求的程序是否充分。
FDA验厂检查时相当重视“企业未执行已有文件”问题，FDA验厂过关最重要的条件是企业自身应当严格执行已确立的程序和作业流程，而文件编制合理性及可操作性固然重要。
2.1 重点检查的文件有：
·近期一个批次的全套生产原始记录；
·生产工艺、质量控制、设备清洗、环境卫生、无菌区或洁净区的清洁和消毒等方面的标准操作规程(SOP)，工艺验证及设备的无菌度或清洁度的验证方案和记录；
·稳定性试验的方案和记录、FDA检查员提出查阅的其他任何文件。
2.2 重点检查的项目有(*标记为重点关注内容)：
2.3 重点检查的记录：质量手册的符合性、程序文件的符合性、主文档、批记录、顾客投诉记录*(重中之重)、培训记录、不合格品处理记录、供应商资料（包括质量协议）、文件更改相关记录、设计控制相关记录、过程确认报告、灭菌批记录、灭菌协议和标识问题（如有外送灭菌）。
需注意：FDA验厂审核较为关注“用户投诉、不良事件、纠正及预防措施CAPA、召回、忠告性通知等之间的串联”。其中，用户投诉处置更是FDA的审核重点，企业需登记列明过往所有用户投诉记录，并提供对应的内部控制程序、处置过程、验证等证据。
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